Er hielt sich ab 1852 in Ungarn auf und leitete dort die Ofener Oberrealschule im 2. Budapester Bezirk. 1870 wurde er mit dem Aufbau der königlich ungarischen Centralanstalt für Meterologie und Erdmagnetismus betraut, der er bis 1986 vorstand. Ab 1871 gab er die Jahrbücher der Centralanstalt heraus. Seine Beiträge zur Kenntnis der erdmagnetischen Verhältnisse in den Kronländern Ungarns (Budapest 1881) sind im Auftrag der kgl. ungarischen Gesellschaft für Naturwissenschaft entstanden und enthalten alle Messungen, die Schenzel ab 1863 in allen Teilen des Landes angestellt hatte. Schenzls Antrittsvorlesung an der ungarischen Akademie der Wissenschaften betraf die Messung der magnetischen Inclination. In vielen Untersuchungen und Veröffentlichungen setzte er sich mit magnetischen Ortsbestimmungen, mit dem Gang der Temperatur in den oberen Erdschichten, mit der Verdunstung der freien Luft, mit dem Ozongehalt der Luft, mit der Verbreitung der Sonnenwärme im Erdboden, mit dem Klima und den meterologischen Verhältnissen Ungarns auseinander. Er befasste sich aber auch mit Sternschnuppenschwärmen und verfasste eine Anleitung zur Beobachtung von Meteroiten.

Nach 35-jähriger Tätigkeit in Ungarn wurde Guido Schenzel 1886 als Administrator nach Admont berufen und 1890 zum Abt geweiht.